Koca Mustafa Paşa, Mustafa Paşa Koca olarak bilinen bir Türk sadrazamıdır. Doğumu bilinmemekle birlikte, ölümü 1512'de Bursa'da olmuştur.
Devşirme olarak saraya alındı. Bir süre sonra Kapıcıbaşı oldu. Fatih Sultan Mehmet'in ölümünden (1481) sonra Bayezid ve Cem arasında başlayan saltanat mücadelesinde devşirmeler grubunun yanında yer alarak Bayezid'in tarafında yer aldı. Tahta geçen Bayezid, Rodos'tan Fransa'ya, oradan da Roma'ya gelen Cem'i ortadan kaldırmak istedi. Kapıcıbaşı Mustafa Ağa'yı Papa Aleksander Borgia ile anlaşmak üzere Roma'ya gönderdi.
Mustafa Ağa Papa ile anlaştı ve Cem'in zehirletilerek öldürülmesini sağladı (1495). Mustafa Ağa Roma'dan dönünce Rumeli valiliğine tayin edildi (1511). Aynı yıl Hersekoğlu Ahmed Paşa'nın yerine sadrazamlığa getirildi. Bu sırada Osmanlı şehzadeleri Ahmed, Korkud, Yavuz Selim arasında başlayan taht mücadelesinde, Sadrazam Koca Mustafa Paşa Şehzade Ahmed tarafını tuttu ve onu saltanata geçmek üzere İstanbul'a çağırdı. Fakat 24 Nisan 1511'de Yeniçeriler ayaklanarak Mustafa Paşa'nın da konağını yağmaladılar. Bunun üzerine Yavuz Selim padişah oldu.
Selim I, saltanatının ilk aylarında Koca Mustafa Paşa'yı sadarette bıraktı. Fakat Koca Mustafa Paşa'nın gizlice Şehzade Ahmed'le haberleştiğini öğrenerek, onu Bursa'da idam ettirdi (1512).